В 1938-1939 годах была открыта как годичная сельскохозяйственная школа Тянь-Шанского района Киргизской ССР.

На основании Постановления Совета Министров Киргизской ССР от 3 октября 1975 года № 504 он был воссоздан как Нарынский сельскохозяйственный техникум.

Указом Президента Кыргызской Республики с 22 мая 1996 года техникум стал структурным подразделением Нарынского государственного университета.

На основании приказа Министерства образования и науки КР от 7 августа 2008 года № 487/1 наименование Сельскохозяйственного техникума при НГУ изменено на Аграрно-экономический колледж.

На основании решения Педагогического совета Аграрно-экономического колледжа от 26 февраля 2021 года и Постановления Ученого совета НГУ от 26 февраля 2021 года № 19 наименование Аграрно-экономического колледжа Нарынского государственного университета С. Нааматова его изменили на Аграрный технико-экономический колледж Нарынского государственного университета имени С. Нааматова. 25 марта 2021 года изменения в наименование и Устав образовательного учреждения прошли перерегистрацию в Управлении юстиции Нарынской области на основании принятых решений.